یکی از مهم ترین معایب حنا دارد این است که، کشیدن ابرو با آن کمی دشوار است و اگر خوب نتوانید ابروها را با حنا بکشید بسیار در هم و کثیف به نظر خواهد رسید. حتی حنا ممکن است در نقاط دیگر پوست نیز لکه ایجاد کند که پاک شدن آن بسیار سخت می باشد. پس برای اینکه داخل ابروها را به بهترین شکل حنا بکشید باید کاملا دقت نمایید. زیرا اگر لکه ای از حنا روی پوست یا کناره های ابرو ماند ممکن است، یک هفته طول بکشد تا کاملا پاک شود و دائم باید آن را پنهان نمایید.
یکی دیگر از ایراداتی که حنا دارد این است که حنا روی انواع موها یکسان عمل نکرده و رنگ های متفاوتی ایجاد می کند. مثلا ابروهایی که تیره و ضخیم هستند زمانی که با حنا پر می شوند رنگ خاصی نخواهند گرفت و فقط پوست رنگ می گیرد و تغییری روی ابرو ایجاد نخواهد شد. در چنین مواقعی بهتر است ابتدا چند درجه ابروها را روشن کرده و سپس از حنا استفاده کنید تا حالت یکدست به ابروها بدهد.
حنا علاوه بر مزیت هایی که دارد به دلیل رنگ قوی که ایجاد می کند دارای معایبی همچون لکه شدن پوست هنگام رنگ کردن ابروها است.